JBO竞博医学生物信息基础 第7讲 数据库(简)[精]

　　JBO竞博大量产生 • 人类基因组计划(破译人类的遗传密码） • 大规模基因测序：

　　每年2亿多个DNA序列碱基测定，100亿. • 大型计算机的数据处理能力：数万亿次/秒 • 因特网的发展

　　数据库中的数据直接来源于实验获得的原 始数据，只经过简单的归类整理和注释

　　对原始生物分子数据进行整理、分类的结 果，是在一级数据库、实验数据和理论分 析的基础上针对特定的应用目标而建立的 。

　　二级数据库的形式：大多以web界面为基础， 具有文字信息、表格、图形、图表等方式显 示数据库内容； 一级数据库与二级数据库之间并无明确的界限JBO竞博。

　　 2008年 生物信息学数据库总数已超过1 000个。 每年增加100多个。

　　1. 核酸序列数据库 2. RNA 序列数据库 3. 蛋白质序列数据库 4. 结构数据库 5. 基因组数据库 6. 代谢酶相关产物 7. 人类和其他脊椎动物基因组 8. 人类基因和疾病 9. 其他数据和其他基因表达数据库 10.蛋白组资源 11.其他分子生物学数据库 12.细胞器官数据库 13.植物数据库 14.免疫学数据库

　　B) 蛋白质序列二级数据库 Prosite (蛋白质序列功能位点数据库) 90年代由瑞典生物信息学研究所SIB负责维护。 基于对蛋白质家族中同源序列多重序列比对得到 的保守区域，这些区域通常与生物学功能相关。数 据库包括两个数据库文件：数据文件Prosite；说明 文件PrositeDoc。

　　• 第一部遗传密码已被破译，但对密码的转录 过程还不清楚，对大多数DNA非编码区域 的功能还知之甚少

　　（一）按生物分子种类、结构和功能分类 • 核酸序列数据库 • 蛋白质序列数据库 • 蛋白质结构数据库 • 基因组数据库

　　• 基因图谱数据库 • 核酸序列数据库 • 蛋白质序列数据库 • 大分子结构数据库等 • 国际著名的生物信息中心

　　• 无论是第一部遗传密码，还是第二部遗传密 码，都隐藏在大量的生物分子数据之中。

　　生物信息学对知识和信息进行总结与提炼。 在此过程中，形成了知识数据库、数据分 析算法以及各种各样的计算机软件。

　　（1）时间性 （2）注释 （3）支撑数据 （4）数据质量 （5）集成性

　　二级数据库的特色） A) 基因组信息二级数据库 B) 蛋白质序列二级数据库 C) 蛋白质结构二级数据库

　　德国Pastear研究所建立。 除具有浏览、检索、搜寻功能外，还 对环状基因组实现可视化。

　　（2）数据库使用频率增长更快 （3）数据库的复杂程度不断增加 （4）数据库网络化 （5）面向应用 （6）先进的软硬件配置

　　广义上讲，生物信息学数据库主要分为两 大类Leabharlann Baidu包括基本数据库和二级数据库JBO竞博。

　　基本数据库主要包括原始数据，例如DNA 序列、蛋白质序列和蛋白质结构等信息JBO竞博。

　　TransFac (真核生物基因转录调控因子数据库) 德国生物工程研究所开发维护，始建于1988年。 包括顺式调控位点、基因、转录因子、细胞来源、