JBO竞博21个常用公共医学数据库docx

　　JBO竞博聚焦生物医药领域 利用好这21个公共医学数据库，发论文事半功倍 整理/宝晟(广州)生物信息技术有限公司 说到医学论文，大家通常马上想到做实验。毫无疑问，实验很重要，但通过挖掘现有的 临床大数据发现新问题，也是一种不错的研究手段。 临床大数据主要来源于临床病历、健康档案、基础知识库、临床知识库、参考文献、个 人健康数据、基因与组学数据等，具有大量性 (Volume)、 多样性 (Variety)、 快速性 (Velocity)、 易变性 (Variability)、 准确性 (Veracity) 和复杂性 (Complexity) 的 特征。临床大数据对研究者和临床医生的价值不亚于金矿，不仅可以利用其发文章，甚至可 将大数据用于指导临床实践。 以下这21个医学公共数据库，无疑是一个又一个的矿场，你都认识了吗? 1 、BioLINCC 网址：/home/ BioLINCC 是美国国家心脏，肺和血液研究所 (NHLBI) 于2008年建立的生物样本和数 据存储信息协调中心，其中存储着NHLBI 开发和维护的血液和心血管相关的临床研究数据和 生物样本。 BioLINCC 可为研究者提供NHLBI 收集的来自110余家研究机构产生的临床、流行病学 研究数据和生物样本。 一项来自2015年耶鲁大学医学院附属医院的研究表明，超过90%的 用户对BioLINCC 分享给他们的数据表示满意，适合利用这些数据开展他们的临床研究。有 半数用户已经利用数据完成其研究，并且其中67%的用户已经发表文章，文章数量超过1000 篇。 2 、COSMIC 网址：聚焦生物医药领域 癌症体细胞突变目录 (Catalogue of Somatic Mutations in Cancer,COSMIC), 是目 前全球最大的与人类癌症相关的体细胞变异数据库。 COSMIC 包括两种主要类型的数据，由 科研专家提供的高精度数据和募集的全基因组数据，可对应不同的癌症类型搜索相关的基因 和突变等信息。 3 、NCBD 网址： /quality-programs/cancer/ncdb 美国国家癌症数据库(National Cancer Database,NCDB)是经国家认证的，由美国外科 医师学会和美国癌症学会联合组建的，它是一个基于医院登记数据的临床肿瘤学数据库，来 源于超过1500多个癌症委员会认证的机构。 NCDB 数据库可用于分析和跟踪恶性肿瘤患者的 治疗过程和结局。数据库代表了全美超过70%的新诊断癌症病例和超过三千四百万个历史记 录。 4 、SEER 网址：/ SEER(Surveillance, Epidemiology, and EndResults Program)是美国癌症统计的权威 来源。 SEER 数据库可提供癌症统计信息，以减轻美国人口中的癌症负担。 SEER 数据库由美 国国家癌症研究所(National Cancer Institute,NCI)癌症控制和人口科学部(Division of Cancer Control and Population Sciences,DCCPS)的监视研究项目(Surveillance Research Program,SRP) 提供支持。 5 、TCGA 网址： 美国癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)是由美国国家癌症研究所 (National Cancer Institute,NCI)和国家人类基因组研究所(NationalHuman Genome Research Institute, NHGRI)合作开发的，目前它包含了33种癌症的数据，每种癌症都涉 及关键基因组变化的全面、多维的图谱。 TCGA 数据库储存有2.5PB 的数据，对超过1.1万 多名患者的肿瘤组织及配对正常组织进行描述，目前已被广泛应用于研究领域。这些数据已 为独立研究人员进行的癌症研究或者TCGA 研究网络出版物做出了超过1千多项的贡献。 聚焦生物医药领域 在TCGA 中直接下载数据的方法较为繁琐，但是有多个网站提供TCGA 数据(包括表达和 临床等)完善的整理，以下是其中整理最为完整和可靠的： GDAC: / Cancer Browser: / cBioportal: /index.do 6、WHO Mortality Database 网址：/healthinfo/mortality data/en/ 世界卫生组织死亡数据库(WHO Mortality Database)是对各个成员国的居民登记系统按 照年龄、性别和死因汇编的每年死亡数据。 7 、HGMD 网址： 人类基因突变数据库 (The Human Gene Mutation Database,HGMD), 全面收集引起人 类遗传疾病或与人类遗传疾病相关的核基因突变信息。HGMD 收录的数据包括单碱基置换(如 编码序列中的错义突变、无义突变以及调控和剪切区域中的点突变)、微缺失 (micro-deletions) 和微插入 (micro-insertions)、 缺失/插入 (indels)、 重复序列扩 增以及大的基因损伤(缺失、插入和扩增)和复杂的基因重组等。 8 、ClinVar 网址：/clinvar/ ClinVar 数据库由美国国立卫生研究院于2013年为了生物技术信息开发而创建，其中 收集了人类变异与疾病表型相关的信息，公开给研究者使用。 9 、RefGene 网址：/Annotation/RefGene RefGene 数据库是从 UCSC 数据库创建而来。 RefGene 指定了取自 NCBI RNA 参考序列集 合 (RefSeq) 的已知人类蛋白质编码和非蛋白质编码的基因，用于注释变异基因。 聚焦生物医药领域 10 、Ensembl 网址： /index.html Ensemb1 项目始于1999年，旨在对人类基因组进行注释，并通过网络公开和自由地提 供数据JBO竞博。 11 、1000 Genomes 网址：/ 千人基因组计划在2008年-2015年期间运行，是第一个对大量人类基因组进行测序的 项目，收录人类变异和基因型数据，为人类遗传变异研究提供全面的资源。千人基因组计划 的数据可免费提供给全球科学研究者使用。 12 、0MIM 网址：/ 在线人类孟德尔遗传 (Online Mendelian Inheritance in Man,OMIM), 通过对病症 分类并命名、收录表型和相关病因基因的关系来整合人类孟德尔疾病信息，研究者可通过表 型或基因型来搜索相关信息。 13 、MIMIC 网址： /physiobank/database/mimicdb 美国麻省理工下属管理的一个公共临床数据库，全称 Medical Information Mart for Intensive Care, 已更新至 MIMIC-III(2001-2012)。 该数据库提供了来自 Beth Israel Deaconess Medical Center 的近60000 名 ICU 病 人的住院信息，包括人口统计资料、床旁生命体征、实验室检查结果、手术、用药JBO竞博、监护记 录、影像报告和死亡情况等。 MIMIC 中所有的数据经严格去除身份信息处理后，对全球研究人员免费开放。但申请使 用数据前，需先完成网络课程培训和考试，获取 CITI 证书。 培训网址： /index.cfm?pageID=154&icat=0&ac=0 聚焦生物医药领域 14 、Dryad 网址： / 2008 年 9 月由美国国家科学基金会资助建立，是存放优质数据资源的场所，使科学出 版物背后的数据可被发现、重复使用、引用。目前 Dryad 已经被 Molecular Ecology、plos one、Journal of Applied Ecology 等100 多家杂志推荐作为存放数据的场所。 利用 Dryad 数据库，研究人员可获取数据，研究和验证公布的数据是否合理，或解决 新问题。 Dryad 数据库无需注册即可免费下载和使用相关数据。 15 、GEO 网址：/geo/ 基因表达库(Gene Expression 0mnibus,GEO) 是一个支持微阵列实验的最小信息 (MinimumInformation About a Microarray Experiment,MIAME)兼容数据提交的公共功能 基因组数据存储库。可接受基于数组或序列的数据。提供相关工具帮助用户查询和下载实验 和管理基因表达谱。 16 、DECIPHER 网址：利用染色体组分资源建立人类染色体不平衡和表型数据库(Database of Chromosomal Imbalance and Phenotype in Humans using Ensemble Resources,DECIPHER)是目前分子 遗传学中最重要的生物信息学数据库之一。用户可以通过检索数据库，发现一系列相关的遗 传疾病信息，包括变异位点、临床表型等，提高临床诊断效能。 DECIPHER 数据库包含了超 过200家研究中心上传的超过1万例的案例信息。 17 、Orphanet 网址： /consor/cgi-bin/index.php?lng=EN Orphanet 数据库是为所有用户提供罕见病和罕见病药物信息的开放门户，目的在于提 高罕见病的诊断、护理和治疗效果。 聚焦生物医药领域 18 、DGV 网址： 基因组变异数据库(Database of Genomic Variants,DGV)目的是提供人类染色体结构 变异的概况信息，数据库记录了一系列基因变异与表型相关的信息，数据库信息持续更新中。 19、 Comparative Toxicogenomics Database 网址：/ 比较基因组数据库(Comparative ToxicogenomicsDatabase,CTD)是一个强大的、公开 可用的数据库，旨在提高人们对环境暴露如何影响人类健康的了解。它提供了关于化学基因 /蛋白质相互作用、化学疾病和基因疾病关系的相关信息。这些数据与功能和路径数据相结 合，以帮助验证关于环境影响疾病的机制假设。 20 、Kaplan Meier Plotter 网址：/analysis/ Kaplan MeierPlotter是一个包含5种癌症(乳腺癌、卵巢癌、肺癌JBO竞博、胃癌、肝癌)的mRNA 表达谱芯片公共数据库，从中能够获得基因表达与疾病预后的信息。 21、 国家人口与健康科学数据共享平台 网址： / 起源于2002年的科技部科学数据共享工程，2009年进入长期运行服务阶段，升级为国 家人口健康科学数据共享平台 (NCMI),2017 年 1 月对公众首次发布。该数据库涉及基础 医学、临床医学、公共卫生、中医中药、药学、人口与生殖健康等各方面，总量大，覆盖面 广。但目前数据库里的数据结构类型尚便简单，有些纬度的健康数据不全，有待进一步完善 补充。

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